Hacienda la estancia es una de las más antiguas en la zona de lagos de moreno, es de las pocas que en su casco tiene la traza de una fortaleza con torreones almenados como los castillos de los templarios, característicos del siglo XVI en la conquista y colonización española de las tierras en diversos manuscritos se ha encontrado que esa zona fue ocupada antes de la fundación de lagos, por el cofundador de zacatecas,
Diego de Ibarra, quien en sociedad con Cristóbal de Oñate y Juan de Zaldívar poseyeron varias haciendas en el valle de lagos a partir de aproximadamente 1548, el primer dueño según el Archivo Histórico de Jalisco fue francisco de Espinoza, originario de Sevilla, España.
El templo es uno de los más antiguos del territorio de lagos, esto se confirma con la visita realizada a la villa de santa maría de los lagos en 1648 por el obispo de Nueva Galicia, Juan Ruiz Colmenero quien informa la existencia de un templo en la hacienda de san miguel de la estancia grande.
La remodelación de la hacienda comenzó en el año de 1982, ya que se encontraba completamente deteriorada.